Автор более тысячи эссе о малоизвестных страницах истории Киева и Украины был основателем музееведения в Украине и посвятил музейному делу всю свою жизнь.Опыт Щербаковский заимствовал в лучших музеях Европы. Ученый собрал большую коллекцию произведений народного искусства — почти 30 000 экспонатов (из них — более 700 ковров), значение которой в исследовании истории Украины невозможно переоценить. И первым ввел анализ народных декоративных изделий как произведений искусства. Семьей Даниил Михайлович не обзавелся, и жил при музее на Грушевского, 6, где и работал. Тогда он был Историческим музеем им. Шевченко.Сын сельского священника родился 17 декабря 1877. Оставшись очень рано без матери, был воспитан бабушкой. Окончил в Киеве гимназию и историко-филологический факультет Университета св. Владимира. Любимый ученик известного историка Владимира Антоновича. Занимался археологическими раскопками и после 8 лет внештатного снабжения ценнейшими артефактами исторического музея, был приглашен туда заведующим историко-бытовым и этнографическим отделами.
Ему было 50 лет. Коллега обнародовал последнее письмо Даниила Михайловича: «Я устал. Оставить музей, которому я отдал лучшие годы своей жизни, не в силах. Бороться с квалифицированной подлостью не умею, терпеть постоянные провокационные визиты дальше не могу…».
В Первую мировую, служа в Галиции и Буковине командиром орудийной батареи, запрещал обстреливать древние церкви и колокольни, фотографировал исторические архитектурные памятники, собирал иконы и пересылал в исторический музей.
Один из организаторов Украинской Академии искусств (Киевского художественного института) профессор Щербаковский с 1917 года читал курс истории украинского народного искусства в Археологическом, Фребелевского, Архитектурном институтах. Руководил искусствоведческими семинарами. Входил в Комиссию охраны памятников, этнографическую Комиссию Академии Наук, был основателем Киевского Этнографического Общества.И при всех регалиях в годы разрухи (1919—1920), как и все киевские ученые и преподаватели почти не получал жалованья, и разгружал и пилил на пристани дрова, частенько питаясь только лебедой, которую собирал вокруг музея. И это при том, что собирал тогда дорогие художественные произведения из господских домов, обреченных на уничтожение после революции.